La FÉNA a mis en place un examen pour tous les élèves de fin de cursus des écoles affiliées. Ce tronc commun valide les connaissances acquises.
Cet examen géré par la commission de l’enseignement de la Fédération est actualisé régulièrement en fonction des avancées significatives de la profession. Il porte sur les sciences fondamentales – anatomie, physiologie, pathologie générale et d’exclusion, biologie – , l’hygiène vitale, la philosophie, les sciences et techniques naturopathiques, la déontologie, les techniques de bilan et biothérapies.
Il se tient une fois par an généralement le 2ème week-end de décembre.